Principaux messages
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Des tests moléculaires rapides et de faible complexité peuvent aider à identifier les personnes atteintes de tuberculose extrapulmonaire avec une résistance à la rifampicine.
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Ces tests permettent d'identifier avec précision la tuberculose dans le liquide céphalo-rachidien, le liquide pleural, le tissu pleural, le liquide synovial, péritonéal et péricardique.
Pourquoi est-il important d'utiliser des tests moléculaires rapides de faible complexité pour le diagnostic de la tuberculose extrapulmonaire ?
La tuberculose est l'une des dix premières causes de décès dans le monde. La tuberculose affecte principalement les poumons, mais peut également se manifester ailleurs dans le corps (on parle de forme extrapulmonaire). Des tests rapides et précis permettent de commencer un traitement plus tôt, ce qui sauve des vies. Les tests automatisés d'amplification des acides nucléiques à faible complexité (LC-aNAAT) sont des tests rapides qui donnent des résultats en deux heures environ, contrairement à la culture qui prend des semaines. Ils peuvent également détecter la résistance à des antibiotiques importants pour la tuberculose, comme la rifampicine.
Quel est l’objectif de cette revue ?
Mettre à jour les données probantes sur l'efficacité avec laquelle les LC-aNAAT détectent la tuberculose extrapulmonaire et la résistance à la rifampicine chez les adultes et les adolescents.
Comment avons-nous procédé ?
Les LC-aNAAT sont des tests de diagnostic moléculaire rapide recommandés par l'Organisation mondiale de la Santé pour diagnostiquer la tuberculose et la résistance à la rifampicine. Nous avons combiné les résultats de plusieurs études pour connaître :
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la sensibilité pour la détection de la tuberculose : proportion de personnes atteintes de tuberculose et correctement diagnostiquées comme ayant la tuberculose ;
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la spécificité pour la détection de la tuberculose : proportion de personnes non tuberculeuses et correctement identifiées comme n'ayant pas la tuberculose ;
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la sensibilité pour la détection de la résistance à la rifampicine : proportion de personnes présentant une résistance à la rifampicine et correctement diagnostiquée comme étant résistantes à la rifampicine ;
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la spécificité pour la détection de la résistance à la rifampicine : proportion de personnes présentant une sensibilité à la rifampicine et correctement identifiées comme étant sensibles à la rifampicine.
Nous avons évalué les résultats des LC-aNAAT par rapport à un standard de référence microbiologique et à un standard de référence composite (aucun des deux n'est un standard de référence parfait car la tuberculose extrapulmonaire contient moins de bactéries).
Quels sont les principaux résultats de cette revue ?
Trente-sept études ont analysé des échantillons de ganglions lymphatiques, de liquide pleural, de liquide céphalo-rachidien et d'autres échantillons prélevés sur des personnes suspectes de tuberculose extrapulmonaire. Nous avons trouvé des données pour 2 LC-aNAAT (Xpert Ultra et Truenat MTB Plus), mais nous n'avons pu regrouper que les données de Xpert Ultra pour produire des estimations résumées qui sont présentées ci-dessous.
Sur 1000 personnes testées, si 100 ont la tuberculose :
liquide céphalo-rachidien (16 études)
La sensibilité était de 88 % avec une spécificité de 96 % par rapport à un standard de référence microbiologique. Cela signifie que 124 personnes au total seraient testées positives, dont 36 n'auraient pas la tuberculose (faux positif) ; de même, 876 personnes au total seraient testées négatives, dont 12 auraient la tuberculose (faux négatif).
liquide pleural (13 études)
La sensibilité était de 74 % avec une spécificité de 88 % par rapport à un standard de référence microbiologique. Cela signifie que 181 personnes auraient un test positif au total, dont 107 n'auraient pas la tuberculose (faux positif) ; de même, 819 personnes auraient un test négatif au total, dont 26 auraient la tuberculose (faux négatif).
aspiration des ganglions lymphatiques (6 études)
La sensibilité était de 71 % avec une spécificité de 97 % par rapport à un standard de référence composite. Cela signifie que 94 personnes seraient testées positives au total, dont 23 n'auraient pas la tuberculose (faux positif) ; de même, 906 personnes seraient testées négatives au total, dont 29 auraient la tuberculose (faux positif).
résistance à la rifampicine (13 études)
La sensibilité était de 100 % avec une spécificité de 99 % par rapport à un standard de référence microbiologique. Cela signifie que 105 personnes au total obtiendraient un résultat positif au test de résistance, dont 5 sans résistance (faux positif) ; 895 personnes au total obtiendraient un résultat négatif au test de résistance.
À qui s’appliquent les résultats de cette revue ?
Les personnes avec une suspicion de tuberculose extrapulmonaire.
Quel est le niveau de confiance de ces résultats ?
Nous sommes assez confiants en ce qui concerne les LC-aNAAT dans le liquide céphalo-rachidien et moins confiants en ce qui concerne l'aspiration des ganglions lymphatiques et le liquide pleural pour Xpert Ultra, car notre question était de comprendre comment ces tests se comporteraient dans des contextes de routine. Cependant, la plupart des études portant sur l'aspiration des ganglions lymphatiques et le liquide pleural n'ont pas toujours rapporté les circonstances d’analyse. Les résultats varient également beaucoup d'une étude à l'autre et certaines études sont de très petite taille. Nous sommes moins confiants en ce qui concerne Truenat MTB plus, car il y a eu peu d'études et peu de personnes testées. Les deux standards de référence sont imparfaits, ce qui peut avoir une incidence sur les estimations de la précision.
Quelles sont les implications de cette revue ?
Les LC-aNAAT peuvent être utiles pour diagnostiquer la tuberculose extrapulmonaire, bien que la sensibilité varie selon les différents échantillons extrapulmonaires. Cependant, la spécificité étant élevée pour la plupart des échantillons, les tests donnent rarement un résultat positif pour les personnes qui n'ont pas la tuberculose. Les LC-aNAATs avaient une sensibilité élevée pour la méningite tuberculeuse et une sensibilité et une spécificité élevées pour la résistance à la rifampicine. Toutefois, il est nécessaire de disposer de davantage de données sur d'autres tests au sein de la même classe technologique.
Quelles sont les limitations des données probantes ?
La culture n'étant pas un standard de référence parfait pour cette forme de tuberculose, plusieurs cultures par échantillon pourraient contribuer à renforcer le standard de référence. Cependant, toutes les études n'ont pas indiqué le nombre de cultures par échantillon, ce qui constitue une limite de cette revue.
À quelle date cette revue est-elle à jour ?
10 octobre 2023. Un appel public à données a été lancé par l'Organisation mondiale de la Santé entre le 30 novembre 2023 et le 15 février 2024 afin de recenser les études non publiées.
Lire le résumé complet
Les tests automatisés d'amplification des acides nucléiques à faible complexité ( LC-aNAAT pour Low-Complexity automated Nucleic Acid Amplification Tests) sont des tests moléculaires de diagnostic rapide recommandés par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) et largement utilisés pour la détection simultanée du complexe Mycobacterium tuberculosis et de la résistance à la rifampicine dans les expectorations. Afin d'étendre notre précédente revue sur la tuberculose extrapulmonaire, nous avons réalisé cette mise à jour pour éclairer la révision des recommandations de l’OMS.
Objectifs
Estimer la précision diagnostique des LC-aNAAT pour la tuberculose extrapulmonaire et la résistance à la rifampicine chez les adultes et les adolescents avec une suspicion de tuberculose extrapulmonaire.
Stratégie de recherche documentaire
Nous avons effectué des recherches dans le Registre Cochrane Central des Essais Contrôlés, MEDLINE, Embase, le Science Citation Index, la LILACS (base bibliographique latino-américaine et caribéenne en sciences de la santé), Scopus, ClinicalTrials.gov, la plateforme internationale de registres d'essais cliniques de l'OMS, le registre international standard des numéros d'essais contrôlés randomisés et ProQuest, jusqu'au 11 octobre 2023, sans restriction de langue. Un appel public à données a été lancé par l’OMS entre le 30 novembre 2023 et le 15 février 2024 pour recenser les études non publiées.
Critères de sélection
Nous avons inclus des études transversales et de cohorte utilisant des échantillons non respiratoires et huit formes de tuberculose extrapulmonaire : méningite tuberculeuse et tuberculose pleurale, ganglionnaire, osseuse ou articulaire, génito-urinaire, péritonéale, péricardique ou disséminée. Les échantillons de référence étaient une culture bactériologique et un standard de référence composite défini par l'étude (pour la détection de la tuberculose) ; ainsi qu’un antibiogramme phénotypique avec ou sans génotypique de résistance (détection de la résistance à la rifampicine). Les tests index comprenaient le Xpert Ultra, les tests Truenat, le STANDARD M10 et Iron-qPCR.
Recueil et analyse des données
Deux auteurs de la revue ont indépendamment extrait les données et évalué le risque de biais et l'applicabilité à l'aide de l'outil QUADAS-2. Pour la détection de la tuberculose, nous avons effectué des analyses séparées par type d’échantillon et standard de référence en utilisant un modèle bivarié pour estimer la sensibilité et la spécificité combinées avec des intervalles de confiance (IC) à 95 %. Sur la base d'un critère prédéfini, basé sur la taille des échantillons et le type de technologie permettant d'effectuer une analyse par classe, les données relatives au Truenat MTB Plus n'ont pas été incluses dans les méta-analyses pour les LC-aNAAT. C'est pourquoi nous présentons les résultats pour Xpert Ultra et Truenat MTB Plus séparément. Nous avons évalué le niveau de confiance des données probantes à l’aide de la méthode GRADE.
Résultats principaux
Nous avons inclus 37 études uniques, dont 36 études ont évalué Xpert Ultra et trois études ont évalué Truenat MTB plus. Nous n'avons trouvé aucune étude éligible pour les autres tests définis. Dans l'ensemble, le risque de biais était faible pour les domaines de la sélection des patients, du test index et du déroulement et du timing. Pour l’échantillon de référence, le risque de biais des études incluses était faible (75 %) ou incertain (25 %). L'applicabilité des critères d’inclusion des études n'était pas claire pour la plupart des études car nous n'étions pas sûrs des contextes cliniques, et le problème d'applicabilité était faible pour la plupart des études concernant l’échantillon de référence.
Liquide céphalo-rachidien
Xpert Ultra (16 études)
La sensibilité et la spécificité combinées (IC à 95 %) du Xpert Ultra par rapport à un échantillon de référence microbiologique étaient de 88,2 % (83,7 à 91,6) (287 participants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé) et de 96,0 % (86,8 à 98,9) (1 397 participants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré).
Truenat MTB Plus (2 études)
Les données n'étant pas suffisantes pour effectuer une méta-analyse, nous avons fourni des résultats descriptifs pour Truenat MTB Plus. Dans ces deux études, les sensibilités étaient comprises entre 95 % et 100 %, tandis que les spécificités étaient comprises entre 55 % et 100 % par rapport à un échantillon microbiologique de référence. La sensibilité était de 78,7 % (70 à 86) et la spécificité de 100 % (91 à 100) par rapport à un standard de référence composite issu d'une seule étude.
Liquide pleural
Xpert Ultra (13 études)
La sensibilité et la spécificité sommaires du Xpert Ultra par rapport à un standard de référence microbiologique étaient de 74,0 % (60,8 à 83,9 ; 264 participants ; données probantes d’un niveau de confiance faible) et de 88,1 % (78,8 à 93,6 ; 777 participants ; données probantes d’un niveau de confiance très faible).
Truenat MTB Plus (1 étude)
La sensibilité était de 100 % (2,5 à 100) et la spécificité de 100 % (95,3 à 100) par rapport à un standard de référence microbiologique.
Aspiration d'un ganglion lymphatique
Xpert Ultra (6 études)
La sensibilité et la spécificité sommaires (IC à 95 %) du Xpert Ultra par rapport à un standard de référence composite étaient de 71,3 % (64,3 à 77,4) (243 participants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré) et de 97,4 % (82,3 à 99,7) (218 participants ; données probantes d’un niveau de confiance très faible).
Truenat MTB Plus (1 étude)
La sensibilité et la spécificité étaient respectivement de 77,1 % (66 à 86) et de 100 % (88 à 100) par rapport à un standard de référence microbiologique. La sensibilité était de 100 % (81 à 100) et la spécificité de 56 % (45 à 67) par rapport à un standard de référence composite.
Résistance à la rifampicine
Xpert Ultra (13 études)
La sensibilité et la spécificité combinées du Xpert Ultra étaient de 100,0 % (93,4 à 100,0 ; 54 participants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé) et de 99,4 % (92,1 à 100,0 ; 392 participants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé).
Conclusions des auteurs
Les tests automatisés d'amplification des acides nucléiques à faible complexité sont utiles pour diagnostiquer la tuberculose extrapulmonaire. La sensibilité varie selon les différents échantillons extrapulmonaires, tandis que pour la plupart des échantillons, la spécificité est élevée, les tests donnant rarement un résultat positif chez les personnes ne souffrant pas de tuberculose. Pour la méningite tuberculeuse, Xpert Ultra avait une sensibilité élevée par rapport à la culture. Xpert Ultra avait également une sensibilité et une spécificité élevées pour la résistance à la rifampicine. Il convient que les recherches futures tiennent compte de la préoccupation associée à la culture comme standard de référence dans les échantillons paucibacillaires et envisagent des moyens de remédier à cette limitation. En outre, il existe un besoin critique de données probantes sur d'autres technologies de la classe des tests automatisés d'amplification des acides nucléiques à faible complexité.
Financement
Financé par le programme mondial de lutte contre la tuberculose de l'OMS.
Enregistrement
Il s'agit d'une mise à jour de la revue publiée "Xpert MTB/RIF Ultra et Xpert MTB/RIF assays for extrapulmonary tuberculosis and rifampicin resistance in adults" via doi : 10.1002/14651858.CD012768.pub3 .
Traduction et post-édition réalisées par Cochrane France avec le soutien de Matthieu Gras--Gaïotti (bénévole chez Cochrane France) et grâce au financement du Ministère de la Santé. Une erreur de traduction ou dans le texte original ? Merci d’adresser vos commentaires à : traduction@cochrane.fr
