Principaux messages
- En cas d’usage avec les tests RT-PCR (un test moléculaire qui détecte le matériel génétique de la COVID-19 à l'aide d'une technique appelée réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse), les échantillons de gargarisme et de salive de gorge profonde auto-prélevés ont une sensibilité similaire à celle des échantillons nasopharyngés (prélevés au fond de la gorge par le nez) prélevés par un professionnel de santé qualifié pour détecter la COVID-19.
- En cas d’usage avec la RT-PCR, les échantillons prélevés dans le nez, l'oropharynx (gorge par la bouche), la cavité orale et d'autres méthodes de collecte de salive sont moins sensibles pour détecter la COVID-19 que les échantillons nasopharyngés prélevés par le personnel de santé.
- En cas d’usage avec des tests antigéniques rapides (TDR-Ag ; à domicile/autotests), les échantillons prélevés dans le nez ont une sensibilité similaire à celle des échantillons nasopharyngés prélevés par les professionnels de santé qualifiés pour détecter la COVID-19.
Pourquoi est-il important d’améliorer le diagnostic de la COVID-19 ?
La maladie à coronavirus (COVID-19) est une maladie infectieuse causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Les personnes suspectées d'être atteintes de la COVID-19 pourraient décider de faire un test pour savoir si elles sont infectées afin de pouvoir recevoir un traitement, suivre les recommandations de confinement et informer leurs contacts proches. Ne pas détecter la COVID-19 lorsqu'elle est présente (un résultat faux négatif) risque de propager l'infection et entraîne des occasions manquées de traitement.
Types de méthodes de prélèvement d'échantillons pour diagnostiquer la COVID-19 ?
Le type et la qualité de l'échantillon prélevé pour la confirmation de la COVID-19 affectent la fiabilité du diagnostic. Le type d'échantillon le plus précis pour diagnostiquer la COVID-19 est celui prélevé de l'arrière-gorge jusqu'au nez (un échantillon nasopharyngé) par un personnel de santé formé. Ce type de test détecte le matériel génétique du virus à l'aide d'une technique appelée réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse (RT-PCR). Cependant, cet échantillon est difficile à obtenir correctement, cause de l'inconfort et risque de propager l'infection si les personnes toussent ou éternuent lorsque l'échantillon est prélevé. D'autres types d'échantillons, en particulier ceux qui peuvent être auto-prélevés à l'aide de tests antigéniques rapides (TDR-Ag ; c'est-à-dire les auto-tests), pourraient réduire les coûts et l'inconfort et améliorer la sécurité de l'échantillonnage. Ceci pourrait, à son tour, améliorer l'accessibilité et l’acceptation des tests.
Que voulions-nous découvrir ?
Nous voulions comparer la sensibilité des différents sites et méthodes de collecte d'échantillonnage dans la détection de la COVID-19 en utilisant les tests moléculaires (tests RT-PCR) ou les tests d’auto-diagnostic (tests TDR-Ag).
Comment avons-nous procédé ?
Nous avons recherché des études qui avaient comparé la précision des échantillons nasopharyngés à toute alternative pouvant être utilisée chez des patients en dehors de l'hôpital, y compris des échantillons du nez (nasaux), des échantillons de la gorge prélevés par la bouche (oropharyngés), des échantillons de gargarisme et des échantillons de salive. Nous avons examiné l'utilisation d'échantillons avec RT-PCR ou TDR-Ag. Nous avons également recherché des études qui avaient comparé différentes méthodes de prélèvement d'échantillons, comme les échantillons recueillis par un personnel de santé par rapport à ceux recueillis par des personnes sans instructions ou avec des instructions minimales.
Qu’avons-nous trouvé ?
La revue comprenait 106 études avec un total de 60 523 participants, dont 11 045 avaient une infection par la COVID-19. Cinquante-neuf pour cent des études ont été menées sur des adultes et 79 % sur des participants symptomatiques ou des participants mixtes symptomatiques et asymptomatiques. Soixante pour cent des études ont eu lieu en Europe ou aux États-Unis ; un peu plus de la moitié (55 %) ont eu lieu dans des centres de dépistage dédiés à la COVID-19 ou en milieu ambulatoire.
Résultats principaux
Avec la RT-PCR, en moyenne :
- 100 % des échantillons nasopharyngés positifs recueillis par le personnel de santé seraient également testés positifs sur des échantillons de gargarisme ou de salive auto-prélevés (prélevés par la toux puis par des crachats (salive dans la gorge profonde)) ;
- 88 % des échantillons nasopharyngés positifs recueillis par le personnel de santé seraient également testés positifs avec des échantillons du nez auto-prélevés ou prélevés par le personnel de santé;
- 87 % des échantillons nasopharyngés positifs recueillis par le personnel de santé seraient également détectés par auto-prélèvement salivaire à l'aide de crachats, 84 % par la salive auto-prélevée en bavant et 79 % par la salive auto-prélevée par succion sur un tampon ; et
- 83 % des échantillons nasopharyngés positifs recueillis par les travailleurs sanitaires seraient également détectés par des échantillons oropharyngés auto-prélevés ou prélevés par le personnel de santé.
Avec les TDR-Ag, en moyenne :
- 100 % des échantillons nasopharyngés positifs recueillis par le personnel de santé seraient également détectés par des échantillons nasaux auto-prélevés ou prélevés par le personnel de santé.
Résumé des résultats
Les résultats de ces études indiquent que dans un groupe de 1000 personnes, dont 230 (23 %) ont la COVID-19 :
en cas d’usage avec la PCR, comparé aux échantillons nasopharyngés prélevés par les professionnels de santé :
- aucun cas de COVID-19 ne serait manqué en utilisant des échantillons de gargarisme auto-prélevés (12 de moins à 5 de plus) ou des échantillons de salive profondément dans la gorge (2 de moins à 48 de plus) ;
- 28 (16 à 39) cas en moins d'infection par la COVID-19 seraient détectés en utilisant des échantillons nasaux prélevés par le personnel de santé ou auto-prélevés;
- 30 (18 à 41) cas en moins d'infection par la COVID-19 seraient détectés avec la salive auto-prélevée à l'aide de crachats, 37 (12 à 62) avec la salive prélevée en bavant et 48 (12 à 85) par la salive prélevée par succion sur un tampon ;
- 39 (12 à 67) cas en moins d'infection par la COVID-19 seraient détectés par des échantillons oropharyngés prélevés par le personnel de santé ou auto-prélevés; et
en cas d’usage avec des TDR-Ag, par rapport à des échantillons nasopharyngés prélevés par des professionnels de santé :
aucun cas d'infection par la COVID-19 ne serait manqué en utilisant des échantillons nasaux prélevés par le personnel de santé ou auto-prélevés.
Quelles sont les limites des données probantes ?
Souvent, il n'était pas clair si les études incluses avaient exclu délibérément les échantillons inadéquats ou si les résultats de l'échantillon nasopharyngé plus précis étaient connus lorsque des échantillons alternatifs étaient interprétés. Ceci pourrait avoir permis à d'autres types d'échantillons de sembler plus précis qu'ils ne le sont dans la pratique, réduisant le nombre de cas manqués d'infection par la COVID-19.
Plus de la moitié des études n'ont pas fourni d'informations sur la durée pendant laquelle les participants avaient présenté des symptômes au moment de l'échantillonnage. Ceci réduit notre degré de confiance dans la comparaison des différents types d'échantillons.
La plupart des études ont évalué des échantillons auto-prélevés par des adultes symptomatiques à utiliser avec la RT-PCR ; par conséquent, les conclusions de cette revue pourraient ne pas être applicables aux personnes asymptomatiques ou aux enfants. Pour les études menées avec des TDR-Ag, il n'est pas clair si les estimations sur la sensibilité des échantillons nasaux sont applicables à l'utilisation à domicile (auto-prélèvement et auto-interprétation).
Dans quelle mesure cette revue est-elle à jour ?
Les données probantes sont à jour jusqu'au 22 février 2022.
En cas d’usage avec la RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse), il n'existe pas de données probantes suggérant une différence de sensibilité des échantillons auto-prélevés de gargarisme ou de salive profondément dans la gorge par rapport aux échantillons nasopharyngés prélevés par le personnel de santé en cas d’usage avec la RT-PCR. L'utilisation de ces différents types d'échantillons auto-prélevés peut potentiellement réduire les coûts et l'inconfort et améliorer la sécurité de l'échantillonnage en réduisant le risque de transmission par propagation d'aérosols résultant de la toux et du réflexe pharyngé pendant la procédure de prélèvement d'échantillons nasopharyngés ou oropharyngés. Ceci pourrait, à son tour, améliorer l'accessibilité et l’acceptation des tests. D'autres types d'échantillons de salive, nasaux, oraux et oropharyngés sont, en moyenne, moins sensibles que les échantillons nasopharyngés prélevés par le personnel de santé, et il est peu probable que des sensibilités de cette ampleur soient acceptables pour la confirmation de l'infection par le SARS-CoV-2 par RT-PCR.
En cas d’usage avec les TDR-Ag (tests antigéniques rapides), il n'existe pas de données probantes concernant une différence de sensibilité entre les prélèvements nasaux et les prélèvements nasopharyngés effectués par les professionnels de santé pour détecter le SARS-CoV-2. Les implications pour l'utilisation comme autotest ne sont pas claires, car les évaluations n'ont pas précisé si les échantillons nasaux ont été auto-prélevés ou collectés par le personnel de santé. Des recherches supplémentaires sont nécessaires chez les personnes asymptomatiques, les enfants, et avec les TDR-Ag, et pour étudier l'effet de l'expertise des opérateurs sur la précision.
L'évaluation de la qualité des données probantes soutenant ces conclusions a été limitée par le rapport insuffisant. Il est nécessaire de réaliser d'autres études de haute qualité conformes aux normes de rapport pour les études de précision des tests.
Le prélèvement d'échantillons est un facteur clé de précision dans le diagnostic de l'infection par le SARS-CoV-2. La charge virale peut varier selon les différents sites anatomiques de prélèvement, et la précision peut être compromise par les difficultés à obtenir les échantillons et par l'expertise de la personne qui prélève l'échantillon. Il est important d'optimiser la précision de l’échantillonnage dans le respect des contraintes en matière de coût, de sécurité et d’accessibilité.
Comparer la sensibilité de différents sites et méthodes de prélèvement visant à détecter l'infection actuelle par le SARS-CoV-2 avec tout test moléculaire ou antigénique.
Le 22 février 2022 nous avons entrepris des recherches électroniques dans le registre Cochrane des études sur la COVID-19 et dans la base de données COVID-19 Living Evidence Database de l'Université de Berne (qui comprend les mises à jour quotidiennes de PubMed et Embase et les prépublications de medRxiv et bioRxiv). Nous avons inclus des évaluations indépendantes provenant de laboratoires de référence nationaux, de FIND et du site Internet Diagnostics Global Health. Nous n’avons pas appliqué de restriction sur la langue.
Nous avons inclus des études portant sur des personnes symptomatiques ou asymptomatiques suspectées d'être infectées par le SARS-CoV-2 et subissant un test. Nous avons inclus des études quelle que soit leur plan, comparant les résultats de différents types d'échantillons (localisation anatomique, opérateur, dispositif de prélèvement) recueillis sur le même participant sur une période de 24 heures.
Dans le cadre d'une paire d'échantillons, nous avons défini un échantillon de référence ainsi qu'un échantillon index recueillis auprès du même participant au cours de la même visite clinique (dans les 24 heures). Lorsque la comparaison de l'échantillon portait sur différents sites anatomiques, le standard de référence était défini comme l’échantillon nasopharyngé ou combiné naso-oropharyngé recueilli dans le même conteneur, et l'échantillon index comme le site anatomique alternatif. Lorsque la comparaison d'échantillons portait sur des différences dans la méthode de collecte d'échantillons provenant d'un même site, nous avons défini l'échantillon de référence comme étant celui qui se rapprochait le plus de la pratique standard pour ce type d'échantillon. Lorsque la comparaison d'échantillons portait sur des différences concernant le personnel qui prélevait l'échantillon, l'opérateur le plus qualifié ou expérimenté était considéré comme l'échantillon de référence.
Deux auteurs de la revue ont évalué indépendamment le risque de biais et les problèmes d'applicabilité à l'aide des listes de contrôle QUADAS-2 et QUADAS-C, adaptées à cette revue.
Nous présentons des estimations de la différence de sensibilité (échantillon de référence (%) moins sensibilité de l'échantillon index (%)) dans une paire et sous forme de moyenne entre les études pour chaque méthode d'échantillonnage index en utilisant des diagrammes en forêt et des tableaux. Nous avons examiné l'hétérogénéité entre les études en fonction des caractéristiques de la population d'étude (âge, état symptomatique) et de l'échantillon index (temps après l’apparition des symptômes, expertise de l'opérateur, utilisation d’un milieu de transport).
Cette revue comprend 106 études rapportant 154 évaluations et 60 523 comparaisons de paires d'échantillons, dont 11 045 avaient une infection par le SARS-CoV-2. Quatre-vingt-dix évaluations étaient des échantillons de salive, 37 des échantillons nasaux, 7 des échantillons oropharyngés, 6 des échantillons de gargarisme, 6 des échantillons oraux et 4 des échantillons combinés nasaux/oropharyngés. Quatre évaluations portaient sur l'effet de l'expertise de l’opérateur sur la précision de trois types d'échantillons différents. La majorité des évaluations incluses (146) ont utilisé des tests moléculaires, dont 140 ont utilisé la RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse). Huit évaluations portaient sur des échantillons nasaux utilisés avec les tests TDR-Ag (tests antigéniques rapides). La majorité des études ont été menées en Europe (35/106, 33 %) ou aux États-Unis (27 %) et dans des cliniques spécialisées dans le dépistage de la COVID-19 ou en milieu hospitalier ambulatoire (53 %). Le dépistage ciblé ou le traçage des contacts ne représentaient que 4 % des évaluations. Lorsqu'elles ont été rapportées, la majorité des évaluations portaient sur des adultes (91/154, 59 %), 28 (18 %) portaient sur des populations mixtes et seulement sept (4 %) sur des enfants. La prévalence médiane du SARS-CoV-2 confirmé était de 23 % (écart interquartile (IQR) de 13 % à 40 %).
Le risque de biais et l'évaluation de l’applicabilité ont été entravés par la mauvaise qualité des rapports dans respectivement 77 % et 65 % des études incluses. Le risque de biais était faible dans tous les domaines, dans seulement 3 % des évaluations, en raison de critères d'inclusion ou d'exclusion inappropriés, d'un recrutement peu clair, de l'absence d'aveugle, d'un ordre d’échantillonnage non randomisé ou de différences dans le kit de test au sein d'une paire d'échantillons.
Soixante-huit pour cent des cohortes d'évaluation ont été jugées comme présentant un problème d'applicabilité élevé ou incertain, soit en raison de l'augmentation de la prévalence de l'infection par le SARS-CoV-2 dans les populations étudiées en incluant sélectivement les personnes avec des échantillons confirmés positifs par la PCR, soit parce qu'il n'y avait pas suffisamment de détails pour permettre de reproduire le prélèvement d’échantillons.
Lorsqu'il est utilisé avec la RT-PCR
- Il n'y avait pas de données probantes d'une différence de sensibilité entre les échantillons de gargarisme et nasopharyngés (en moyenne -1%, IC à 95 % -5 à +2, sur la base de 6 évaluations, 2138 paires d'échantillons, dont 389 avaient le SARS-CoV-2).
- Il n'y avait pas de données probantes d'une différence de sensibilité entre le prélèvement de salive dans la gorge profonde et les échantillons nasopharyngés (en moyenne +10%, IC à 95 % -1 à +21, sur la base de 2192 paires d'échantillons, dont 730 avaient le SARS-CoV-2).
- Des données probantes indiquaient que le prélèvement de salive en crachant, bavant ou salivant était en moyenne de -12 % moins sensible (IC à 95 % -16 à -8, sur la base de 27253 paires d'échantillons, dont 4636 avaient le SARS-CoV-2) par rapport aux échantillons nasopharyngés. Nous n'avons pas trouvé de données probantes suggérant une différence dans la sensibilité de la salive recueillie en crachant, bavant ou salivant (différence de sensibilité : intervalle de -13% (en crachant) à -21 % (en salivant)).
- Les échantillons nasaux (prélèvement antérieur et du cornet nasal moyen combinés) étaient, en moyenne, -12 % moins sensibles que les échantillons nasopharyngés (IC à 95 % -17 à -7), sur la base de 9291 paires d'échantillons, dont 1485 présentaient le SARS-CoV-2. Nous n'avons pas trouvé de données probantes suggérant une différence de sensibilité entre les échantillons nasaux prélevés sur les cornets moyens (3942 paires d'échantillons) ou au niveau des narines antérieures (8272 paires d'échantillons).
- Il y avait des données probantes indiquant que les échantillons oropharyngés étaient, en moyenne, -17% moins sensibles que les échantillons nasopharyngés (IC à 95 % -29 à -5), sur la base de sept évaluations, 2522 paires d'échantillons, dont 511 présentaient le SARS-CoV-2.
Un volume beaucoup plus faible de données probantes était disponible pour les échantillons combinés nasaux/oropharyngés et les échantillons oraux.
L'âge, l'état symptomatique et l'utilisation de milieux de transport ne semblent pas affecter la sensibilité des échantillons de salive et des échantillons nasaux.
Lorsqu'il est utilisé avec des TDR-Ag
- Il n'y avait pas de données probantes indiquant une différence de sensibilité entre les échantillons nasaux par rapport aux échantillons nasopharyngés (sensibilité, en moyenne, 0% -0,2 à +0,2, sur la base de 3688 paires d'échantillons, dont 535 avaient le SARS-CoV-2).
Traduction et Post-édition réalisées par Cochrane France, avec le soutien de Eliane Denise Bahbouth (bénévole chez Cochrane France), grâce au financement du Ministère de la Santé et de la Prévention. Une erreur de traduction ou dans le texte original ? Merci d’adresser vos commentaires à : traduction@cochrane.fr.