Postoje dokazi da prebiotici dodani u hranu za dojenčad mogu u dojenčadi spriječiti ekcem i astmu. Međutim, postoji sumnja u pouzdanost dokaza jer svi klinički pokusi ne prikazuju rezultate o ishodima alergije i ishodima za svu dojenčad. Reakcije na hranu i alergije (uključujući astmu, ekcem i peludnu groznicu) su česte i sve učestalije. Mnoga djeca postaju osjetljiva na hranu, uključujući i hranu za dojenčad, koja prolazi kroz probavni trakt, gdje sastav probavnih bakterija može utjecati da hrana postane alergogena. Pokušaji da se potakne rast normalnih probavnih bakterija i spriječi osjetljivost na hranu uključivali su dodavanje prebiotika u hranu za dojenčad. Prebiotici su neprobavljive sastavnice hrane koje povoljno djeluju tako što selektivno stimuliraju rast ili aktivnost „zdravih“ bakterija u debelom crijevu. Ovim Cochrane sustavnim pregledom pronađeni su dokazi da korištenje prebiotika kao dodataka dječjoj hrani može spriječiti ekcem u djece u dobi do 2 godine. Nije jasno treba li davanje prebiotika ograničiti na djecu s visokim rizikom za razvoj alergije ili pak oni mogu imati utjecaj i na populaciju nižeg rizika, a isto tako mogu li imati učinak na druge alergijske bolesti uključujući astmu Prije nego se preporuči rutinska upotreba prebiotika u prevenciji alergija, potrebno je provesti daljnja istraživanja za potvrdu tih rezultata.