Principaux messages
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Le test Xpert Ultra réalisé sur des échantillons d’expectorations (mucus craché par les poumons), d’aspiration gastrique (mucus et salive aspirés de l’estomac) et de selles (matière fécale) permet de détecter avec précision la tuberculose pulmonaire chez les enfants.
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Le risque de ne pas diagnostiquer la tuberculose pulmonaire est présent, mais le risque de diagnostiquer à tort un enfant comme atteint de tuberculose pulmonaire est faible.
Pourquoi est-il important d’améliorer le diagnostic de la tuberculose ?
En 2023, on estime que 1,3 million d’enfants ont été atteints de tuberculose, une maladie causée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis . Ne pas identifier à temps la tuberculose (résultats faussement négatifs) peut entraîner un retard de diagnostic, une maladie grave et la mort. Un diagnostic incorrect de la tuberculose (résultats faussement positifs) peut entraîner un traitement inutile.
Quel était l’objectif de cette revue ?
Évaluer la précision du Xpert Ultra pour le diagnostic de la tuberculose affectant les poumons (tuberculose pulmonaire), le système nerveux central et le cerveau (méningite tuberculeuse) ainsi que les ganglions lymphatiques, et pour détecter la résistance à la rifampicine (un antibiotique utilisé pour traiter la tuberculose), chez les enfants de moins de 10 ans qui présentent des symptômes de tuberculose.
Qu'étudie cette revue ?
Xpert Ultra détecte simultanément le Mycobacterium tuberculosis et la résistance à la rifampicine. Pour la détection de Mycobacterium tuberculosis , nous avons évalué les résultats en fonction de deux critères : la culture (une méthode utilisée pour cultiver le germe) et une définition composite de la maladie fondée sur les symptômes, la radiographie thoracique et la culture. Pour la détection de la résistance à la rifampicine, nous avons comparé les résultats aux tests de sensibilité aux médicaments ou au séquençage du génome (méthodes d’identification des mutations de résistance aux médicaments).
Quels étaient les principaux résultats de cette revue ?
Nous avons inclus au total 23 études. La plupart des études portaient sur la tuberculose pulmonaire (21 études, 9 223 enfants). Trois études portaient sur la résistance à la rifampicine, trois sur la méningite tuberculeuse et deux sur la tuberculose ganglionnaire.
Pour une population (d’étude) de 1 000 enfants dont 100 sont atteints de tuberculose pulmonaire (d’après les résultats de culture) :
Dans les expectorations :
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112 auraient un résultat Xpert Ultra positif, dont 75 seraient atteints de tuberculose pulmonaire (vrais positifs) et 37 ne le seraient pas (faux positifs).
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888 auraient un résultat Xpert Ultra négatif, dont 863 ne seraient pas atteints de tuberculose pulmonaire (vrais négatifs) et 25 en seraient atteints (faux négatifs).
Dans les aspirations gastriques :
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151 auraient un résultat Xpert Ultra positif, dont 70 seraient atteints de tuberculose pulmonaire (vrais positifs) et 81 ne le seraient pas (faux positifs).
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849 auraient un résultat Xpert Ultra négatif, dont 819 ne seraient pas atteints de tuberculose pulmonaire (vrais négatifs) et 30 en seraient atteints (faux négatifs).
Dans les selles :
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85 auraient un résultat Xpert Ultra positif, dont 68 seraient atteints de tuberculose pulmonaire (vrais positifs) et 17 ne le seraient pas (faux positifs).
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915 auraient un résultat Xpert Ultra négatif, dont 883 ne seraient pas atteints de tuberculose pulmonaire (vrais négatifs) et 32 en seraient atteints (faux négatifs).
Dans les aspirations nasopharyngées :
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68 auraient un résultat Xpert Ultra positif, dont 46 seraient atteints de tuberculose pulmonaire (vrais positifs) et 22 ne le seraient pas (faux positifs).
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932 auraient un résultat Xpert Ultra négatif, dont 878 ne seraient pas atteints de tuberculose pulmonaire (vrais négatifs) et 54 en seraient atteints (faux négatifs).
Dans les trois études ayant porté sur la résistance à la rifampicine (chez 76 enfants), seuls deux enfants présentaient une résistance à la rifampicine.
Le pourcentage d’enfants atteints de méningite tuberculeuse détectée par le test Xpert Ultra était compris entre 67 % et 100 % (215 enfants au total, dont 13 avec une méningite tuberculeuse confirmée par culture) selon trois études. Xpert Ultra a confirmé 100 % des cas de tuberculose ganglionnaire confirmée par culture chez les enfants dans deux études (58 enfants au total, 21 avec une tuberculose ganglionnaire confirmée par culture).
Quelles sont les limites des données probantes ?
Pour la tuberculose pulmonaire, nous avons une confiance modérée dans nos résultats. Nous avons inclus des études provenant de différents pays et utilisé deux standards de référence différents, bien qu'aucun des deux ne soit parfait. Nous accordons moins de confiance aux résultats relatifs à la résistance à la rifampicine, car seules trois études ont examiné cet aspect et seuls deux enfants ont montré une résistance à la rifampicine. Nous n'avons pas pu regrouper les résultats concernant la tuberculose ganglionnaire ou la méningite tuberculeuse provenant de différentes études, car peu d’études portaient sur ces types de tuberculose.
À qui s’appliquent les résultats de cette revue ?
Cette revue s'applique aux enfants (âgés de la naissance à 9 ans), qu’ils soient porteurs du VIH ou non, présentant des signes ou symptômes de tuberculose pulmonaire, de méningite tuberculeuse ou de tuberculose ganglionnaire. Les résultats s'appliquent également aux enfants souffrant de malnutrition sévère et présentant des symptômes de tuberculose. Les résultats concernent principalement les enfants vivant dans des régions du monde où les taux de tuberculose ou la tuberculose associée au VIH sont élevés.
Quelles sont les implications de cette revue ?
Les résultats suggèrent que chez les enfants âgés de moins de 10 ans, le test Xpert Ultra présente une précision modérée pour détecter la tuberculose pulmonaire dans les échantillons d’expectorations, d’aspiration gastrique et de selles. La précision dans les échantillons issus d’une aspiration nasopharyngée est plus faible.
Lors de l’utilisation du Xpert Ultra, le risque de ne pas diagnostiquer une tuberculose pulmonaire (confirmée par culture) reste présent, ce qui suggère que les cliniciens ne devraient pas se fier uniquement au test Xpert Ultra.
Cette revue est-elle à jour ?
Cette revue met à jour notre revue précédente et inclut les données probantes publiées jusqu'au 6 octobre 2023.
Lire le résumé complet
En 2023, on estime que 1,3 million d'enfants (âgés de 0 à 14 ans) ont contracté la tuberculose et que 166 000 enfants (âgés de 0 à 15 ans) sont décédés de cette maladie. Xpert MTB/RIF Ultra (Xpert Ultra) est un test moléculaire de diagnostic rapide recommandé par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) qui détecte le complexe Mycobacterium tuberculosis ainsi que la résistance à la rifampicine. Ceci est une mise à jour d'une revue Cochrane publiée pour la première fois en 2020 et mise à jour pour la première fois en 2022. Certaines parties de la mise à jour actuelle ont contribué à l’élaboration des directives actualisées de l'OMS concernant le diagnostic de la tuberculose en 2024.
Objectifs
Évaluer la précision diagnostique du test Xpert Ultra pour détecter la tuberculose pulmonaire, la méningite tuberculeuse, la tuberculose ganglionnaire et la résistance à la rifampicine chez les enfants (âgés de 0 à 9 ans) atteints d'une tuberculose présumée.
Stratégie de recherche documentaire
Nous avons effectué des recherches dans le Registre Cochrane Central des Essais Contrôlés (CENTRAL), Medline, Embase, trois autres bases de données ainsi que trois registres d’essais sans restriction de langue jusqu'au 6 octobre 2023.
Critères de sélection
Nous avons inclus des études transversales, de cohorte ainsi que des essais randomisés ayant évalué Xpert Ultra chez des enfants séropositifs et séronégatifs au VIH âgés de zéro à neuf ans. Nous avons inclus des études évaluant des échantillons d’expectoration, gastriques, de selles ou nasopharyngés (tuberculose pulmonaire) ; du liquide céphalo-rachidien (méningite tuberculeuse) ; et de tissus prélevés par aspiration à l’aiguille fine ou par biopsie chirurgicale (tuberculose ganglionnaire). Les standards de référence pour détecter la tuberculose étaient le standard de référence microbiologique (MRS, de l’anglais « microbiological reference standard » ; incluant la culture) ou le standard de référence composite (CRS, de l’anglais « composite reference standard ») ; pour les selles, nous avons pris en compte le test Xpert Ultra dans les expectorations ou les aspirations gastriques en plus de la culture. Les standards de référence utilisés pour la détection de la résistance à la rifampicine dans les expectorations étaient l’antibiogramme phénotypique ou le séquençage ciblé ou complet du génome.
Recueil et analyse des données
Deux auteurs de la revue ont indépendamment extrait les données et évalué la qualité méthodologique à l’aide de l’outil QUADAS-2 adapté, en jugeant le risque de biais séparément pour chaque condition ciblée et chaque type d’échantillon. Nous avons réalisé des méta-analyses distinctes pour la détection de la tuberculose pulmonaire, de la méningite tuberculeuse, de la tuberculose ganglionnaire et de la résistance à la rifampicine. Nous avons utilisé le modèle bivarié pour estimer la sensibilité et la spécificité combinées avec des intervalles de confiance (IC) à 95 %. Nous avons évalué le niveau de confiance des données probantes à l’aide de l’outil GRADE.
Résultats principaux
Cette mise à jour inclut 23 études (dont 9 nouvelles études depuis la revue précédente) qui ont évalué la détection de la tuberculose pulmonaire (21 études, 9 223 enfants), de la méningite tuberculeuse (3 études, 215 enfants), de la tuberculose ganglionnaire (2 études, 58 enfants) et de la résistance à la rifampicine (3 études, 130 enfants). Dix-sept études (74 %) ont été réalisées dans des pays avec un taux de tuberculose élevé. Dans l’ensemble, le risque de biais et les préoccupations relatives à l'applicabilité étaient faibles.
Détection de la tuberculose pulmonaire (standard de référence microbiologique)
Expectoration (11 études)
La sensibilité combinée du Xpert Ultra était de 75,3 % (IC à 95 % de 68,9 % à 80,8 % ; 345 enfants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré) et sa spécificité était de 95,9 % (IC à 95 % de 92,3 % à 97,9 % ; 2 645 enfants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé).
Aspiration gastrique (12 études)
La sensibilité combinée du Xpert Ultra était de 69,6 % (IC à 95 % de 60,3 % à 77,6 % ; 167 enfants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré), et sa spécificité était de 91,0 % (IC à 95 % de 82,5 % à 95,6 % ; 1 792 enfants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré).
Selles (10 études)
La sensibilité combinée du Xpert Ultra était de 68,0 % (IC à 95 % de 50,3 % à 81,7 % ; 255 enfants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré) et sa spécificité était de 98,2 % (IC à 95 % de 96,3 % à 99,1 % ; 2 630 enfants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé).
Aspiration nasopharyngée (6 études)
La sensibilité combinée du Xpert Ultra était de 46,2 % (IC à 95 % de 34,9 % à 57,9 % ; 94 enfants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré) et sa spécificité était de 97,5 % (IC à 95 % de 95,1 % à 98,7 % ; 1 259 enfants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé).
La sensibilité du Xpert Ultra était plus faible par rapport à la CRS qu’à la MRS pour tous les types d’échantillons, tandis que les spécificités étaient similaires.
Tuberculose extrapulmonaire
Pour la tuberculose ganglionnaire et la méningite tuberculeuse, une méta-analyse n’a pas été possible en raison du faible nombre d’études disponibles.
Interprétation des résultats
Pour une population (d’étude) de 1 000 enfants, dont 100 sont atteints de tuberculose pulmonaire :
Dans les expectorations :
- 112 auraient un résultat Xpert Ultra positif, dont 75 seraient atteints d’une tuberculose pulmonaire (vrais positifs) et 37 ne le seraient pas (faux positifs).
- 888 auraient un résultat Xpert Ultra négatif, dont 863 ne seraient pas atteints de tuberculose pulmonaire (vrais négatifs) et 25 en seraient atteints (faux négatifs).
Dans les aspirations gastriques :
- 151 auraient un résultat Xpert Ultra positif, dont 70 seraient atteints d’une tuberculose pulmonaire (vrais positifs) et 81 ne le seraient pas (faux positifs).
- 849 auraient un résultat Xpert Ultra négatif, dont 819 ne seraient pas atteints de tuberculose pulmonaire (vrais négatifs) et 30 en seraient atteints (faux négatifs).
Dans les selles :
- 85 auraient un résultat Xpert Ultra positif, dont 68 seraient atteints d’une tuberculose pulmonaire (vrais positifs) et 17 ne le seraient pas (faux positifs).
- 915 auraient un résultat Xpert Ultra négatif, dont 883 ne seraient pas atteints de tuberculose pulmonaire (vrais négatifs) et 32 en seraient atteints (faux négatifs).
Dans les aspirations nasopharyngées :
- 68 auraient un résultat Xpert Ultra positif, dont 46 seraient atteints d’une tuberculose pulmonaire (vrais positifs) et 22 ne le seraient pas (faux positifs).
- 932 auraient un résultat Xpert Ultra négatif, dont 878 ne seraient pas atteints de tuberculose pulmonaire (vrais négatifs) et 54 en seraient atteints (faux négatifs).
Détection de la résistance à la rifampicine
Trois études portant sur 76 enfants ont évalué la détection de la résistance à la rifampicine (expectorations uniquement) ; deux de ces études n'ont rapporté aucun cas et une a rapporté une résistance à la rifampicine chez deux enfants.
Conclusions des auteurs
La sensibilité du test Xpert Ultra était modérée dans les échantillons d’expectorations, d’aspirations gastriques et de selles. L’aspiration nasopharyngée avait la plus faible sensibilité. La spécificité du test Xpert Ultra était élevée, aussi bien par rapport au standard de référence microbiologique (MRS) qu’au standard de référence composite (CRS). Nous n'avons pas pu déterminer la précision du test Xpert Ultra pour la détection de la méningite tuberculeuse, de la tuberculose ganglionnaire et de la résistance à la rifampicine en raison du manque de données.
Financement
Cette mise à jour a été financée par l’OMS.
Enregistrement
Le protocole de cette revue a été publié pour la première fois par Cochrane en 2019. Le protocole de cette mise à jour est un protocole générique qui regroupe les protocoles Cochrane précédemment publiés sur le Xpert Ultra pour la détection de la tuberculose et peut être consulté à l’adresse suivante : https://osf.io/26wg7/ .
Protocole (2019) DOI : 10.1002/14651858.CD013359
Revue originale (2020) DOI : 10.1002/14651858.CD013359.pub2
Mise à jour de la revue (2022) DOI : 10.1002/14651858.CD013359.pub3
Traduction et Post-édition réalisées par Cochrane France avec le soutien de Hania Touba (bénévole chez Cochrane France) et grâce au financement du Ministère de la Santé. Une erreur de traduction ou dans le texte original ? Merci d’adresser vos commentaires à : traduction@cochrane.fr
