Quelle est la précision des tests de détection de l’acide nucléique et des antigènes dans le diagnostic de la leptospirose ?

Sujets étudiés dans la revue

La leptospirose est une maladie infectieuse, causée par une bactérie appelée Leptospira, que l’on trouve dans le sol, dans l’eau douce ou dans l’urine infectée de certains animaux. C’est principalement un problème dans les pays tropicaux humides d’Asie du Sud-Est, d’Amérique centrale et d’Amérique du Sud, mais il peut aussi concerner les régions tempérées.

La leptospirose cause de la fièvre et des maux de tête et, dans certains cas, des problèmes rénaux, pulmonaires ou cardiaques. Souvent, les symptômes ne sont pas uniques à la maladie, ce qui la rend difficile à diagnostiquer et, par conséquent, elle n’est souvent pas détectée.

Les examens de laboratoire confirment le diagnostic. Ces tests reposent sur la preuve de la présence de Leptospira, de son ADN ou d’anticorps contre Leptospira. Les tests de détection des acides nucléiques et des antigènes, comme la réaction de polymérisation en chaîne (en anglais : polymerase chain reaction, PCR) classique et la PCR en temps réel, identifient la bactérie ou son ADN directement dans le sang ou l’urine. Les tests de détection de l’acide nucléique et des antigènes peuvent mieux détecter Leptospira dans les premiers jours d’une infection, de sorte que les patients puissent être traités plus tôt avec des antibiotiques ; ce qui donne de meilleurs résultats. Ces tests peuvent également fournir des informations utiles en cas d’épidémie. En cas d’épidémie, les tests de détection de l’acide nucléique et des antigènes pourraient servir de systèmes d’alerte rapide.

Quel était l’objectif de cette revue ?

L’objectif était d’évaluer l’efficacité des tests de dépistage de la leptospirose à l’aide de l’acide nucléique et d’antigènes. En d’autres termes, il s’agit d’évaluer le nombre d’erreurs commises par ces tests en n’identifiant pas des personnes atteintes de leptospirose ou au contraire en identifiant mal des personnes non atteintes (personnes en bonne santé ou atteintes d’une autre maladie).

Quels ont été les principaux résultats de cette revue ?

La revue reposait sur 41 études auxquelles ont participé 5 981 personnes. Nous avons identifié neuf tests de détection des acides nucléiques et des antigènes, à partir desquels la PCR et la PCR en temps réel ont été le plus souvent étudiées.

Une constatation importante est que l’exactitude de la PCR et de la PCR en temps réel varie fortement d’une étude à l’autre. Nous avons présenté des précisions moyennes pour les deux tests, mais il y avait une grande incertitude autour de ces moyennes. La PCR identifie souvent correctement les personnes sans leptospirose (en moyenne 95 personnes sur 100), mais elle omet fréquemment les personnes atteintes de leptospirose (en moyenne 30 personnes sur 100). La précision de la PCR en temps réel dépendait de la valeur seuil pour un résultat positif. À une valeur seuil où la PCR en temps réel identifie souvent correctement les personnes sans leptospirose (95 personnes sur 100 en moyenne), elle omet aussi fréquemment les personnes atteintes de leptospirose (71 personnes sur 100 en moyenne). Si une personne obtient un résultat positif ou négatif au test PCR ou au test PCR en temps réel, le risque que la personne soit effectivement atteinte de la maladie dépend du fait que la suspicion de leptospirose chez cette personne était déjà élevée avant de subir le test. Ainsi, lorsqu’on interprète les résultats de l’un ou l’autre de ces tests, il faut tenir compte de la force de la suspicion de leptospirose chez un individu et de la fréquence de la leptospirose dans le contexte dans lequel le test sera utilisé.

Il n’était pas possible de déterminer lequel des tests, de la PCR ou de la PCR en temps réel, permettait de mieux détecter la leptospirose, car les études comparant directement ces deux tests faisaient défaut. Les résultats d’autres tests de détection de l’acide nucléique et des antigènes sont décrits dans le texte principal de la revue.

Dans quelle mesure les résultats des études de cette revue étaient-ils fiables ?

Toutes les études n’ont pas été menées selon les standards scientifiques les plus élevés. Cela signifie que les résultats de certaines études peuvent avoir été surestimés ou sous-estimés. De plus, les tests utilisés pour vérifier si une personne souffre réellement de leptospirose ou non (appelé test de référence) peuvent ne pas distinguer avec précision les personnes atteintes ou non. Pour ces raisons, un plus grand nombre études de grande qualité sont nécessaires pour confirmer la fiabilité de ces résultats.

À qui s’appliquent les résultats de cette revue ?

Les résultats peuvent s’appliquer aux personnes potentiellement atteintes de leptospirose. Cependant, la performance de la PCR et de la PCR en temps réel varie considérablement d’une étude à l’autre et on ne sait pas encore clairement ce qui cause cette différence. Il est probable que le test fonctionne mieux ou moins bien selon la prévalence de la leptospirose dans la région et selon le temps écoulé entre l’apparition des symptômes et le moment du test. Il est donc difficile de généraliser les résultats de cette revue à tous les contextes.

Dans quelle mesure cette revue est-elle à jour ?

Les auteurs de la revue ont recherché et utilisé des études publiées jusqu’au 6 juillet 2018.

Conclusions des auteurs: 

La validité des résultats de la revue est limitée et doit être interprétée avec prudence. Il existe une variabilité substantielle entre les études dans l’exactitude de la PCR et de la PCR en temps réel, ainsi qu’une variabilité substantielle dans la prévalence de la leptospirose. Par conséquent, la position de la PCR et de la PCR en temps réel dans le chemin clinique dépend de considérations régionales telles que la prévalence de la maladie, les facteurs qui sont susceptibles d’influencer l’exactitude et les conséquences en aval des résultats des tests. Les données probantes sont insuffisantes pour déterminer lequel des tests de détection de l’acide nucléique et des antigènes est le plus précis. Il existe des données probantes préliminaires que la PCR et la PCR en temps réel sont plus sensibles sur les échantillons de sang prélevés au début du stade de la maladie, mais cela doit être confirmé dans les études à venir.

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Contexte: 

Le diagnostic précoce de la leptospirose peut contribuer à l’efficacité de la thérapie antimicrobienne et à la détection précoce des épidémies. Les tests de détection de l’acide nucléique et des antigènes sont susceptibles de diagnostiquer précocement la leptospirose. Grâce à cette revue systématique, nous avons évalué la sensibilité et la spécificité des tests de détection des acides nucléiques et des antigènes.

Objectifs: 

Déterminer la précision des tests de diagnostic basés sur les tests de détection de l’acide nucléique et des antigènes pour le diagnostic de la leptospirose symptomatique chez l’être humain.

Stratégie de recherche documentaire: 

Nous avons effectué des recherches dans les bases de données électroniques, y compris MEDLINE, Embase, la Cochrane Library et les bases de données régionales, de leur création jusqu’au 6 juillet 2018. Nous n’avons pas appliqué de restrictions quant à la langue ou à la date de la publication.

Critères de sélection: 

Nous avons inclus des études diagnostiques transversales et des études cas-témoins de tests utilisant des méthodes de détection de l’acide nucléique et des antigènes chez des personnes soupçonnées d’être atteintes de leptospirose systémique. Nous avons considéré comme tests de référence, soit le test d’agglutination microscopique seul (qui détecte les anticorps contre la leptospirose) soit en l’incluant dans un test de référence composite avec des mises en culture ou autres tests sérologiques. Des études ont été exclues lorsque les témoins étaient des sujets sains ou lorsque les données étaient insuffisantes pour calculer la sensibilité et la spécificité.

Recueil et analyse des données: 

Au moins deux auteurs de la revue ont extrait indépendamment les données de chaque étude. Nous avons utilisé l’outil révisé Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies tool (QUADAS-2) pour évaluer le risque de biais. Nous avons calculé les valeurs de sensibilité et de spécificité propres à l’étude avec des intervalles de confiance (IC) de 95 % et avons regroupé les résultats dans une méta-analyse lorsque cela était approprié. Nous avons utilisé le modèle à deux variables pour les tests d’indice à un seul seuil de positivité, et nous avons utilisé le modèle hiérarchique sommaire de la fonction d’efficacité du récepteur pour les tests d’indice à plusieurs seuils de positivité. Comme sources possibles d’hétérogénéité, nous avons exploré : le moment du test de l’indice, la prévalence de la maladie, le type d’échantillon de sang, les amorces ou les gènes cibles, et la méthode de visualisation en temps réel par réaction de polymérisation en chaîne (en anglais : polymerase chain reaction, PCR). Celles-ci ont été ajoutées comme covariables aux modèles de méta-régression.

Résultats principaux: 

Nous avons inclus 41 études évaluant neuf tests d’indice (PCR conventionnelle (notée PCR), PCR en temps réel, PCR ancrée, PCR réalisée deux fois, amplification isotherme, dosage immunoenzymatique (ELISA), ELISA par points, dosage immunochromatographique du flux latéral et tests unitaires sur bandelette) avec 5981 participants (1834 atteints de leptospirose et 4147 non atteints). Souvent, les critères de qualité méthodologique n’étaient pas signalés et le risque de biais du test de référence était généralement considéré comme élevé. L’applicabilité des résultats était limitée par l’utilisation fréquente d’échantillons congelés. Nous avons effectué des méta-analyses pour la PCR et la PCR en temps réel sur les produits sanguins.

La sensibilité regroupée de la PCR était de 70 % (IC 95 % : 37 % à 90 %) et la spécificité regroupée était de 95 % (IC 95 % : 75 % à 99 %). Si l’on exclut les études présentant un risque élevé de biais dans le domaine du test de référence, la sensibilité regroupée était de 87 % (IC 95 % : 44 % à 98 %) et la spécificité regroupée était de 97 % (IC 95 % : 60 % à 100 %). Pour la PCR en temps réel, nous avons estimé une courbe sommaire de la fonction d’efficacité du récepteur. Par exemple, un point de la courbe avec une spécificité de 85 % avait une sensibilité de 49 % (IC à 95 % : 30 % à 68 %). De même, pour une spécificité de 90 %, la sensibilité était de 40 % (IC 95 % : 24 % à 59 %) et de 29 % (IC 95 % : 15 % à 49 %). La spécificité médiane de la PCR en temps réel sur les produits sanguins était de 92 %. Nous n’avons pas formellement comparé l’exactitude des tests diagnostiques de la PCR et de la PCR en temps réel, car les études comparatives directes faisaient défaut. Trois des 15 études analysant la PCR sur des produits sanguins ont indiqué le moment de la collecte des échantillons dans les études incluses dans les méta-analyses (intervalle de 1 à 7 jours après l’apparition des symptômes). Neuf des 16 études analysant la PCR en temps réel sur les produits sanguins l’ont également indiqué (intervalle de 1 à 19 jours après l’apparition des symptômes). Dans les études PCR, la spécificité était plus faible dans les milieux où la prévalence de la leptospirose était élevée. D’autres études sur l’hétérogénéité n’ont pas identifié d’associations statistiquement significatives. Deux études suggèrent que la PCR et la PCR en temps réel peuvent être plus sensibles sur des échantillons de sang prélevés au début de la maladie. Les résultats d’autres tests d’index ont été décrits de façon narrative.

Notes de traduction: 

Post-édition effectuée par Maud Bénard et Cochrane France. Une erreur de traduction ou dans le texte d'origine ? Merci d'adresser vos commentaires à : traduction@cochrane.fr

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