Crohnova bolest uzrokuje kroničnu upalu crijeva. Česti simptomi uključuju bol u trbuhu i proljev. Probiotici su živi organizmi za koje se smatra da mogu pospješiti zdravlje tako što mijenjaju rast i aktivnost bakterija u crijevima i na taj način smanjuju upalu. U Cochrane sustavnom pregledu analizirano je sedam malenih studija različite kvalitete. Studije su testirale učinak terapije održavanja pomoću probiotika (mikroorganizmima kao što su Lactobacilli GG, Escherichia coli soj Nissle 1917, VSL#3, Saccharomyces boulardii) među oboljelima od Crohnove bolesti koji su bili u remisiji. Remisija je bila postignuta lijekovima ili kirurškim zahvatima. Studije su trajale od 6 mjeseci do 1 godine. Studije nisu pokazale ikakvu korist od liječenja probioticima. Ispitanici su općenito dobro podnosili liječenje probioticima i prijavljeno je svega nekoliko nuspojava, uključujući nadutost, proljev, zatvor, mučninu i bol u gornjem dijelu trbuha. Trenutno nema dokaza koji bi poduprli uporabu probiotika kao terapije održavanja Crohnove bolesti. Moguće je da bi veće studije pokazale da je ovakav pristup liječenju učinkovit.