Quelle est la précision des tests (Xpert Ultra et Xpert MTB/RIF) dans le diagnostic de la tuberculose en dehors des poumons (tuberculose extrapulmonaire) et de la résistance à la rifampicine ?

Pourquoi est-il important d'utiliser les tests Xpert dans la tuberculose extrapulmonaire ?

La tuberculose est l'une des dix premières causes de décès dans le monde. Elle touche principalement les poumons (pulmonaire) mais peut également se manifester dans d'autres parties du corps (extrapulmonaire). Lorsque les personnes reçoivent un traitement approprié et opportun, la tuberculose est généralement guérissable. L'un des problèmes liés à la prise en charge de la tuberculose est que les bactéries deviennent résistantes aux antibiotiques. Le fait de ne pas reconnaître rapidement la tuberculose peut retarder le diagnostic et le traitement, aggraver la maladie et entraîner la mort. Un diagnostic de tuberculose incorrect peut conduire à une anxiété accrue et un traitement inutile.

Quel est l’objectif de cette revue ?

Mettre à jour les données probantes sur la précision des tests Xpert dans le diagnostic de la tuberculose extrapulmonaire et de la résistance à la rifampicine chez les adultes. La rifampicine est un antituberculeux majeur. Nous avons inclus la méningite tuberculeuse, ainsi que la tuberculose pleurale, ganglionnaire, ostéoarticulaire, urogénitale, péritonéale, péricardique et disséminée.

Qu’étudie cette revue ?

Xpert Ultra et Xpert MTB/RIF sont des tests rapides permettant de diagnostiquer simultanément la tuberculose et la résistance à la rifampicine. Nous avons combiné les résultats des études pour déterminer :
- la sensibilité : personnes atteintes de tuberculose (résistance à la rifampicine) correctement diagnostiquées ;
- la spécificité : personnes non atteintes de tuberculose (résistance à la rifampicine) correctement identifiées.
Plus la sensibilité et la spécificité sont proches de 100 %, meilleur est le test. Nous avons mesuré les résultats de Xpert par rapport à une culture et à un étalon de référence composite (aucun des deux n'est un étalon de référence parfait car la tuberculose extrapulmonaire est paucibacillaire (peu de bactéries)).

Quels sont les principaux résultats de cette revue ?

69 études ont testé des échantillons ganglionnaires, de liquide pleural et de liquide cérébrospinal, ainsi que d'autres échantillons provenant de personnes atteintes d'une tuberculose extrapulmonaire présumée. Des études ont été menées dans 28 pays.

Pour 1 000 personnes testées, si 100 personnes avaient la tuberculose selon les étalons de référence :

liquide cérébrospinal

- Xpert Ultra (6 études) :

· sensibilité 89 % : 168 personnes seraient testées positives, dont 79 sans tuberculose

· spécificité 91 % : 832 personnes seraient testées négatives, dont 11 atteintes de tuberculose

- Xpert MTB/RIF (30 études) :

· sensibilité 71 % : 99 personnes seraient testées positives, dont 28 sans tuberculose

· spécificité 97 % : 901 personnes seraient testées négatives, dont 29 atteintes de tuberculose

liquide pleural

- Xpert Ultra (4 études) :

· sensibilité 75 % : 192 personnes seraient testées positives, dont 117 sans tuberculose

· spécificité 87 % : 808 personnes seraient testées négatives, dont 25 atteintes de tuberculose

- Xpert MTB/RIF (25 études) :

· sensibilité 50 % : 60 personnes seraient testées positives, dont 10 sans tuberculose

· spécificité 99 % : 940 personnes seraient testées négatives, dont 50 atteintes de tuberculose

liquide ganglionnaire (nœuds lymphatiques)

- Xpert Ultra (1 étude) :

· sensibilité 70 % : 70 personnes seraient testées positives (toutes sont atteintes de tuberculose)

· spécificité 100 % : 930 personnes seraient testées négatives, dont 30 atteintes de tuberculose

- Xpert MTB/RIF (4 études) :

· sensibilité 82 % : 118 personnes seraient testées positives, dont 37 sans tuberculose

· spécificité 96 % : 882 personnes seraient testées négatives, dont 19 atteintes de tuberculose

résistance à la rifampicine

- Xpert Ultra (4 études) :

· sensibilité 100 % : 100 personnes seraient testées positives (toutes présentent une résistance à la rifampicine)

· spécificité 100 % : 900 personnes seraient testées négatives (aucune ne présente de résistance à la rifampicine)

- Test MTB/RIF (19 études) :

· sensibilité 97 % : 105 personnes seraient testées positives, dont 8 sans résistance à la rifampicine

· spécificité 99 % : 895 personnes seraient testées négatives, dont 3 avec une résistance à la rifampicine

À qui s’appliquent les résultats de cette revue ?

Les personnes avec une suspicion de tuberculose extrapulmonaire.

Quel est notre degré de confiance dans ces résultats ?

Confiance relative dans Xpert MTB/RIF sur le liquide cérébrospinal et moindre sur le liquide ganglionnaire. Confiance moindre dans Xpert Ultra, compte tenu du faible nombre d’études et de personnes testées. Les deux étalons de référence sont imparfaits, ce qui peut avoir une incidence sur les estimations de la précision.

Quelles sont les implications de cette revue ?

Les tests Xpert peuvent être utiles pour diagnostiquer une tuberculose extrapulmonaire. La sensibilité varie selon les échantillons extrapulmonaires, alors que pour la plupart des échantillons, la spécificité est élevée, le test donnant rarement un résultat positif pour les personnes non atteintes de tuberculose (vérifié par culture). Pour la méningite tuberculeuse, Xpert Ultra a affiché une sensibilité plus élevée et une spécificité plus faible que Xpert MTB/RIF. Les tests ont montré une précision similaire dans le diagnostic de la résistance à la rifampicine.

Cette revue est-elle à jour ?

28 janvier 2020.

Conclusions des auteurs: 

Xpert Ultra et Xpert MTB/RIF peuvent être utiles pour diagnostiquer une tuberculose extrapulmonaire. La sensibilité varie selon les échantillons extrapulmonaires : alors que pour la plupart des échantillons la spécificité est élevée, les tests donnent rarement un résultat positif pour les personnes non atteintes de tuberculose. Pour la méningite tuberculeuse, Xpert Ultra présentait une sensibilité plus élevée et une spécificité plus faible que Xpert MTB/RIF par rapport à la culture. Xpert Ultra et Xpert MTB/RIF présentaient une sensibilité et une spécificité similaires sur la résistance à la rifampicine. Il convient que les recherches futures tiennent compte de la préoccupation associée à la culture comme étalon de référence dans les échantillons paucibacillaires et envisagent des moyens de remédier à cette limitation.

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Contexte: 

Xpert MTB/RIF Ultra (Xpert Ultra) et Xpert MTB/RIF sont des tests rapides d'amplification des acides nucléiques (TAAN), recommandés par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et largement utilisés dans la détection simultanée du complexe Mycobacterium tuberculosis et de la résistance à la rifampicine dans les expectorations. Pour compléter notre précédente revue sur la tuberculose extrapulmonaire Kohli 2018), nous avons élaboré cette mise à jour pour informer de la politique actualisée de l'OMS (WHO Consolidated Guidelines (Module 3) 2020).

Objectifs: 

Estimer la précision diagnostique de Xpert Ultra et Xpert MTB/RIF dans la tuberculose extrapulmonaire et la résistance à la rifampicine chez les adultes présentant une tuberculose extrapulmonaire présumée.

Stratégie de recherche documentaire: 

Registre spécialisé du groupe Cochrane sur les maladies infectieuses, MEDLINE, Embase, Science Citation Index, Web of Science, littérature scientifique sur la santé en Amérique latine et dans les Caraïbes (Latin American Caribbean Health Sciences Literature), Scopus, ClinicalTrials.gov, système d'enregistrement international des essais cliniques (ICTRP) de l'OMS, registre ISRCTN (International Standard Randomized Controlled Trial Number) et ProQuest, 2 août 2019 et 28 janvier 2020 (études Xpert Ultra), sans restriction de langue.

Critères de sélection: 

Études transversales et de cohortes utilisant des échantillons non respiratoires. Formes de tuberculose extrapulmonaire : méningite tuberculeuse et tuberculose pleurale, ganglionnaire, ostéoarticulaire, urogénitale, péritonéale, péricardique, disséminée. Étalons de référence : culture et étalon de référence composite défini par l'étude (détection de la tuberculose) ; test phénotypique de sensibilité aux médicaments et tests LiPA (détection de la résistance à la rifampicine).

Recueil et analyse des données: 

Deux auteurs de la revue ont, de manière indépendante, extrait les données et évalué le risque de biais et l'applicabilité en utilisant QUADAS-2. Pour la détection de la tuberculose, nous avons effectué des analyses séparées par type d'échantillon et par étalon de référence à l’aide du modèle bivarié, afin d’estimer la sensibilité et la spécificité combinées avec des intervalles de crédibilité (ICr) à 95 %. Nous avons appliqué un modèle de méta-analyse à classe latente à trois formes de tuberculose extrapulmonaire. Nous avons évalué le niveau de confiance des données probantes en utilisant le système GRADE.

Résultats principaux: 

69 études : 67 études ont évalué le test Xpert MTB/RIF et 11 le test Xpert Ultra ; parmi ces études, neuf ont évalué les deux tests. La plupart des études ont été menées en Chine, en Inde, en Afrique du Sud et en Ouganda. Globalement, le risque de biais était faible sur les domaines de la sélection des patients, du test index, du flux et du temps, et faible (49 %) ou peu clair (43 %) sur le domaine de l’étalon de référence. L'applicabilité sur le domaine de la sélection des patients était incertaine pour la plupart des études car nous n'étions pas sûrs du contexte clinique.

Liquide cérébrospinal

Xpert Ultra (6 études)

Les mesures combinées de la sensibilité et de la spécificité de Xpert Ultra (ICr à 95 %) par rapport à la culture étaient respectivement de 89,4 % (79,1 à 95,6) (89 participants ; données probantes d’un niveau de confiance faible) et de 91,2 % (83,2 à 95,7) (386 participants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré). Sur 1 000 personnes dont 100 ont une méningite tuberculeuse, 168 seraient positives au test Xpert Ultra ; parmi celles-ci, 79 (47 %) n'auraient pas la tuberculose (faux positifs). 832 seraient négatives au test Xpert Ultra ; parmi celles-ci, 11 (1 %) auraient la tuberculose (faux négatifs).

Xpert MTB/RIF (30 études)

Les mesures combinées de la sensibilité et de la spécificité de Xpert MTB/RIF par rapport à la culture étaient respectivement de 71,1 % (62,8 à 79,1) (571 participants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré) et de 96,9 % (95,4 à 98,0) (2 824 participants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé). Sur 1 000 personnes dont 100 ont une méningite tuberculeuse, 99 seraient positives au test Xpert MTB/RIF ; parmi celles-ci, 28 (28 %) n'auraient pas la tuberculose. 901 seraient négatives au test Xpert MTB/RIF ; parmi celles-ci, 29 (3 %) auraient la tuberculose.

Liquide pleural

Xpert Ultra (4 études)

Les mesures combinées de la sensibilité et de la spécificité de Xpert Ultra par rapport à la culture étaient respectivement de 75,0 % (58,0 à 86,4) (158 participants ; données probantes d’un niveau de confiance très faible) et de 87,0 % (63,1 à 97,9) (240 participants ; données probantes d’un niveau de confiance très faible). Sur 1 000 personnes dont 100 ont une tuberculose pleurale, 192 seraient positives au test Xpert Ultra ; parmi celles-ci, 117 (61 %) n'auraient pas la tuberculose. 808 seraient négatives au test Xpert Ultra ; parmi celles-ci, 25 (3 %) auraient la tuberculose.

Xpert MTB/RIF (25 études)

Les mesures combinées de la sensibilité et de la spécificité de Xpert MTB/RIF par rapport à la culture étaient respectivement de 49,5 % (39,8 à 59,9) (644 participants ; données probantes d’un niveau de confiance faible) et de 98,9 % (97,6 à 99,7) (2 421 participants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé). Sur 1 000 personnes dont 100 ont une tuberculose pleurale, 60 seraient positives au test Xpert MTB/RIF ; parmi celles-ci, 10 (17 %) n'auraient pas la tuberculose. 940 seraient négatives au test Xpert MTB/RIF ; parmi celles-ci, 50 (5 %) auraient la tuberculose.

Nœuds lymphatiques - aspiration

Xpert Ultra (1 étude)

Les mesures combinées de la sensibilité et de la spécificité de Xpert Ultra (intervalle de confiance à 95 %) par rapport à l’étalon de référence composite étaient respectivement de 70 % (51 à 85) (30 participants ; données probantes d’un niveau de confiance très faible) et de 100 % (92 à 100) (43 participants ; données probantes d’un niveau de confiance faible). Sur 1 000 personnes dont 100 ont une tuberculose ganglionnaire, 70 seraient positives au test Xpert Ultra ; parmi celles-ci, aucune (0 %) n'aurait la tuberculose. 930 seraient négatives au test Xpert Ultra ; parmi celles-ci, 30 (3 %) auraient la tuberculose.

Xpert MTB/RIF (4 études)

Les mesures combinées de la sensibilité et de la spécificité de Xpert MTB/RIF par rapport à l’étalon de référence composite étaient respectivement de 81,6 % (61,9 à 93,3) (377 participants ; données probantes d’un niveau de confiance faible) et de 96,4 % (91,3 à 98,6) (302 participants ; données probantes d’un niveau de confiance faible). Sur 1 000 personnes dont 100 ont une tuberculose ganglionnaire, 118 seraient positives au test Xpert MTB/RIF ; parmi celles-ci, 37 (31 %) n'auraient pas la tuberculose. 882 seraient négatives au test Xpert MTB/RIF ; parmi celles-ci, 19 (2 %) auraient la tuberculose.

Dans le cas de l’aspiration au niveau des nœuds lymphatiques, la spécificité combinée du test Xpert MTB/RIF par rapport à la culture était de 86,2 % (78,0 à 92,3), inférieure à celle définie par rapport à un étalon de référence composite. En utilisant le modèle à classe latente, la spécificité combinée du test Xpert MTB/RIF était de 99,5 % (99,1 à 99,7), similaire à celle observée avec un étalon de référence composite.

Résistance à la rifampicine

Xpert Ultra (4 études)

Les mesures combinées de la sensibilité et de la spécificité de Xpert Ultra étaient respectivement de 100,0 % (95,1 à 100,0) (24 participants ; données probantes d’un niveau de confiance faible) et de 100,0 % (99,0 à 100,0) (105 participants ; données probantes d’un niveau de confiance modéré). Sur 1 000 personnes dont 100 ont une résistance à la rifampicine, 100 seraient positives au test Xpert Ultra (résistantes) ; parmi celles-ci, aucune (0 %) ne présenterait pas de résistance à la rifampicine. 900 seraient négatives au test Xpert Ultra (sensibles) ; parmi celles-ci, aucune (0 %) ne présenterait une résistance à la rifampicine.

Xpert MTB/RIF (19 études)

Les mesures combinées de la sensibilité et de la spécificité de Xpert MTB/RIF étaient respectivement de 96,5 % (91,9 à 98,8) (148 participants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé) et de 99,1 % (98,0 à 99,7) (822 participants ; données probantes d’un niveau de confiance élevé). Sur 1 000 personnes dont 100 présentent une résistance à la rifampicine, 105 seraient positives au test Xpert MTB/RIF (résistantes) ; parmi celles-ci, 8 (8 %) ne présenteraient pas de résistance à la rifampicine. 895 seraient négatives au test Xpert MTB/RIF (sensibles) ; parmi celles-ci, 3 (0,3 %) présenteraient une résistance à la rifampicine.

Notes de traduction: 

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