Performance du test génomique de dépistage prénatal non invasif (gDPNI) pour identifier les anomalies génétiques des bébés à naître

De quoi est-il question ?

Quelle est la performance du nouveau test (gDPNI) pour détecter un nombre anormal de chromosomes dans le matériel génétique (ADN) du bébé à naître présent dans le sang de la mère ? Nous avons évalué la performance pour le dépistage du syndrome de Down (trisomie 21), du syndrome d’Edward (trisomie 18), du syndrome de Patau (trisomie 13), du syndrome de Turner (45,X), du syndrome de Klinefelter (47,XXY), du syndrome du Triple X (47,XXX) et du syndrome 47,XYY. Différentes méthodes sont utilisées pour le test gDPNI. Nous avons évalué la méthode de séquençage massif en parallèle (MPSS) qui teste tout l’ADN et la méthode de séquençage massif en parallèle ciblé (TMPS) qui teste seulement certaines zones de l’ADN.

Contexte

Il y a 46 chromosomes (23 paires) chez les humains. Un nombre anormal de chromosomes peut causer des troubles génétiques pour lesquels il n’y a aucun traitement. Avoir un chromosome supplémentaire est appelé trisomie et un excès (ou un manque) d’un chromosome sexuel est appelé anomalie des chromosomes sexuels (ACS). La trisomie la plus commune est la trisomie 21 qui survient chez environ un bébé sur 1000. Les enfants atteints du syndrome de trisomie 21 ont une croissance lente, des traits faciaux caractéristiques et une déficience intellectuelle légère à modérée dont certains nécessiteront une formation spécialisée plus tard dans leur vie. Cependant, les symptômes varient de légers à sévères, de sorte que certains enfants peuvent mener une vie relativement normale. Les autres trisomies ou les ACS présentent différents degrés d’invalidité, mais le risque qu’un bébé en soit affecté est bien moindre.

Les tests de dépistage actuels pour ces conditions nécessitent une confirmation à savoir si le bébé a la condition ou non, et ce, en utilisant un test invasif comme l’amniocentèse. L’amniocentèse consiste à recueillir les cellules fœtales qui flottent dans le liquide entourant le fœtus en insérant une fine aiguille à travers le ventre de la mère. Une autre méthode consiste à collecter les tissus du placenta (prélèvement de villosités choriales (PVC)). Avec ces tests invasifs, les femmes enceintes sont exposées à un plus grand risque de perdre leur bébé, même si le bébé n’est pas affecté par la trisomie 21. Ainsi, ces tests invasifs sont seulement offerts aux femmes ayant un plus grand risque d’avoir un fœtus affecté.

Ce que nous avons fait

Nous avons recherché des études qui ont inclus des femmes de tous les âges, ethnicités et âges gestationnels qui portaient un ou plusieurs bébés. Nous avons recherché des études (jusqu’en juillet 2016) qui évaluaient la performance de ce nouveau test.

Nos résultats

Nous avons trouvé 65 études pour un total de 86 139 femmes enceintes, incluant 3 141 grossesses affectées. Quarante-deux études (65 %) ont recruté des femmes enceintes à risque élevé d’avoir un bébé avec un nombre de chromosomes anormaux. Quarante-huit (74 %) études incluaient uniquement des femmes ayant un seul fœtus. Quarante-quatre (68 %) études ont utilisé le MPSS et 21 (32 %) études ont utilisé le TMPS.

Le gDPNI semble être précis pour le dépistage des bébés à naître (singletons ou jumeaux), particulièrement pour détecter le syndrome de Down, la trisomie 18 et la trisomie 13. Cependant, il y avait quelques problèmes avec la manière dont les études ont été menées, ce qui nous rend prudent quant à nos résultats. Cela peut donner l'impression que le test gDPNI donne de meilleurs résultats qu’ils ne le sont vraiment.

Autre informations importantes à considérer

La méthode gDPNI semble bonne pour identifier les bébés à naître qui ont un nombre anormal de chromosomes. Cependant, quand le test gDPNI détecte un nombre anormal de chromosomes, une confirmation à l’aide d’un test invasif (comme l’amniocentèse ou le PVC) est encore nécessaire avant de prendre une décision concernant la grossesse.

Il est important que les femmes enceintes reçoivent des informations complètes sur les éventuels problèmes de santé pouvant survenir chez un bébé affecté par un chromosome supplémentaire. Par exemple, avec la trisomie 21, bien que certains enfants présentent des handicaps considérables, d’autres peuvent mener une vie relativement normale. En outre, dans cette revue, la plupart des études ont recruté des femmes enceintes présentant un risque accru d’avoir un bébé avec un nombre anormal de chromosomes, ainsi, nos résultats ne s’appliquent pas directement à la population générale de femmes enceintes.

Conclusions des auteurs: 

Ces résultats montrent que le MPSS et le TMPS performent de façon similaire sur le plan de la sensibilité et de la spécificité clinique pour la détection de l’aneuploïdie fœtale pour les T21, T13 et T18 et pour les aneuploïdies des chromosomes sexuels (ACS). Cependant, aucune étude n’a comparé les deux approches conjointement dans la même cohorte de patientes. La performance du test gDPNI a principalement été évaluée comme un test de deuxième instance pour identifier les grossesses à très faible risque d’aneuploïdies fœtales (T21, T18 et T13), évitant ainsi des procédures invasives. Les tests de dépistage prénataux non invasifs basé sur la génomique semblent être sensibles et hautement spécifiques pour la détection des trisomies fœtales 21, 18 et 13 dans les populations à risque élevé. Il y a peu de données sur la performance du test gDPNI en première instance dans une population de femmes enceintes non sélectionnées. En ce qui concerne le remplacement des tests invasifs, la performance des tests gDPNI observée dans cette revue n’est pas suffisante pour remplacer les tests diagnostiques invasifs actuels.

Nous concluons que compte tenu des données actuelles sur la performance du test gDPNI, le caryotype invasif fœtal est toujours l’approche diagnostique requise pour confirmer la présence d’une anomalie chromosomique avant de prendre une décision irréversible par rapport à l’issue de la grossesse. Cependant, la plupart des études utilisant le test gDPNI sont sujettes à un biais, en particulier en ce qui concerne la sélection des participantes.

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Contexte: 

Les aneuploïdies fœtales communes incluent le syndrome de Down (trisomie 21 ou T21), le syndrome d’Edward (trisomie 18 ou T18), le syndrome de Patau (trisomie 13 ou T13), le syndrome de Turner (45,X), le syndrome de Klinefelter (47,XXY), le syndrome du Triple X (47,XXX) et le syndrome 47,XYY (47,XYY). Le dépistage prénatal de ces aneuploïdies fœtales fait partie des soins standard dans de nombreux pays, mais les tests actuels biochimiques et l’échographie génèrent des taux élevés de résultats faux négatifs et faux positifs. La découverte de l’ADN fœtal libre circulant (ccfDNA) dans le sang maternel offre le potentiel d’utiliser une méthode de dépistage plus précise comme le test de dépistage prénatal non invasif basé sur la génomique (gDPNI). Les deux approches utilisées pour le test gDPNI sont le séquençage massif en parallèle (MPSS) et le séquençage massif en parallèle ciblé (TMPS).

Objectifs: 

Évaluer et comparer la performance diagnostique du MPSS et du TMPS pour le test gDPNI en première instance dans une population non sélectionnées de femmes enceintes ayant recourt au dépistage d’une aneuploïdie ou en deuxième instance chez les femmes enceintes considérées à risque élevé d’aneuploïdies fœtales suite à un premier test de dépistage des aneuploïdies les plus courantes. Les résultats du test gDPNI ont été confirmés par un test de référence standard tel que le caryotype fœtal ou l’examen clinique néonatal.

La stratégie de recherche documentaire: 

Nous avons recherché dans 13 bases de données (dont MEDLINE, Embase et Web of Science) du 1er janvier 2007 au 12 juillet 2016 sans restriction pour la langue, des filtres de recherche ou du type de publication. Nous avons également examiné la bibliographie des articles pertinents, les sites Web des compagnies privées de diagnostic prénatal et les résumés de conférences.

Critères de sélection: 

Les études pouvaient inclure des femmes enceintes de tous les âges, ethnicité et âge gestationnel ayant un une grossesse unique ou multiple. Les femmes devaient avoir eu un test de dépistage d’aneuploïdie fœtale par MPSS ou TMPS et un test de référence standard tel que le caryotype fœtal ou l’examen clinique néonatal (résultats extrait du dossier médical).

Recueil et analyse des données: 

Deux auteurs de la revue ont indépendamment fait la sélection des études, l’extraction des données et l’évaluation de la qualité des études (en utilisant l’outil QUADAS-2). Dans la mesure du possible, des modèles hiérarchiques ou des modèles alternatifs plus simples ont été utilisés pour la méta-analyse.

Résultats principaux: 

Soixante-cinq études portant sur 86 139 femmes enceintes (3 141 aneuploïdes et 82 998 euploïdes) ont été incluses. Aucune étude n’a été jugée à faible risque de biais dans les quatre domaines de l’outil QUADAS-2, mais les préoccupations concernant l’applicabilité étaient dans l’ensemble faibles. Parmi les 65 études, 42 ont recruté seulement des femmes enceintes à risque élevé, cinq ont recruté une population non sélectionnée de femmes enceintes et 18 ont recruté des femmes enceintes présentant un risque préalable (faible ou élevé) ou sans risque préalable d’aneuploïdie fœtale. Parmi les 65 études, 44 ont évalué le MPSS et 21 ont évalué le TMPS; parmi ceux-ci, cinq études ont également comparé le test gDPNI avec un test de dépistage traditionnel (biochimique, échographique ou les deux combinés). Quarante-six des 65 études (71 %) ont rapporté leur taux d’échec du test gDPNI qui variait entre 0 % et 25 % pour le MPSS et entre 0,8 % et 7,5 % pour le TMPS.

Dans la population de femmes enceintes non sélectionnées, le MPSS a été évalué par une seule étude; l’étude a évalué les T21, T18 et T13. Le TMPS a été évalué pour la T21 dans quatre études portant sur des cohortes non sélectionnées; trois de ces études ont également évaluées la T18 et 13. Dans des analyses groupées (88 cas de T21, 22 cas de T18, huit cas de T13 et 20 649 grossesses non affectées (non T21, T18 et T13)), les sensibilités cliniques (intervalle de confiance à 95 % (IC à 95 %)) du TMPS étaient de 99,2 % (78,2 % à 100 %), 90,9 % (70,0 % à 97,7 %) et 65,1 % (9.16 à 97,2 %) pour les T21, T18 et T13, respectivement. La spécificité clinique correspondante était supérieure à 99,9 % pour les T21, T18 et T13.

Dans les populations à risque élevé, le MPSS a été évalué pour les T21, T18, T13 et 45,X par 30, 28, 20 et 12 études, respectivement. Dans des analyses groupées (1 048 cas de T21, 332 cas de T18, 128 cas de T13 et 15 797 grossesses non affectées), les sensibilités cliniques (IC à 95 %) du MPSS étaient de 99,7 % (98,0 % à 100 %), 97,8 % (92,5 % à 99,4 %), 95,8 % 86,1 % (98,9 %) et 91,7 % (78,3 % à 97,1 %) pour les T21, T18, T13 et 45,X, respectivement. Les spécificités cliniques correspondantes (IC à 95 %) étaient de 99,9 % (99,8 % à 100 %), 99,9 % (99,8 % à 100 %), 99,8 %, (99,8 % à 99,9 %) et 99,6 % (98,9 % à 99,8 %). Dans ce groupe à risque élevé, le TMPS a été évaluée pour les T21, T18, T13 et 45,X par six, cinq, deux et quatre études, respectivement. Dans des analyses groupées (246 cas de T21, 112 cas de T18, 20 cas de T13 et 4 282 grossesses non affectées), les sensibilités cliniques (IC à 95 %) du TMPS étaient de 99,2 % (96,8 % à 99,8 %), 98,2 % (93,1 % à 99,6 %), 100 % (83,9 % à 100 %) et de 92,4 % (84,1 % à 96,5 %) pour les T21, T18, T13 and 45,X, respectivement. Les spécificités cliniques étaient de 100 % pour les T21, T18 et T13 et de 99,8 % (98,3 % à 100 %) pour le 45,X. Les comparaisons indirectes du MPSS et du TMPS pour les T21, T18 et 45,X n’ont montré aucune différence statistique pour la sensibilité clinique, la spécificité clinique ou les deux. En raison de données limitées, il a été impossible de réaliser une méta-analyse comparative du MPSS et du TMPS pour la T13.

Nous n’avons pas pu effectuer les méta-analyses pour le test gDPNI pour les 47,XXX, 47,XXY et 47,XYY parce qu’il y avait très peu ou pas d’études dans un ou plusieurs groupes à risque.

Notes de traduction: 

Traduction réalisée par Mylène Badeau et Carmen Lindsay et révisée par Cochrane France

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Les traductions sur ce site ont été rendues possibles grâce à la contribution financière du Ministère français des affaires sociales et de la santé et des instituts publics de recherche canadiens.