Pourquoi est-il important d'améliorer la détection de la codélétion 1p/19q dans les gliomes ?
Les gliomes sont un type de tumeur (cancer) du cerveau. Il existe différents types de gliomes, avec des modifications différentes de leur matériel génétique. L'une des modifications génétiques possibles est la perte de parties de deux de nos 23 chromosomes. Lorsqu'il manque à la fois une partie spécifique du chromosome 1 et une partie spécifique du chromosome 19, on parle de « codélétion 1p/19q ». La codélétion 1p/19q est utilisée pour diagnostiquer un gliome appelé oligodendrogliome. La présence d'une codélétion 1p/19q peut également nous indiquer combien de temps un patient atteint d'un gliome pourrait survivre et quel est le meilleur médicament pour traiter ce patient.
Quel est l’objectif de cette revue ?
Nous avons voulu savoir quelle est la méthode la plus précise et la plus rentable pour identifier la codélétion 1p/19q dans les gliomes.
Quel est le sujet de la revue ?
La revue a examiné et comparé toutes les méthodes de détection de la codélétion 1p/19q basées sur l'acide désoxyribonucléique (ADN, qui contient les informations permettant à un organisme de se développer, de survivre et de se reproduire) de la tumeur. Il s'agit de tests connus sous le nom d'hybridation in situ fluorescente (fluorescent in situ hybridisation, FISH) et ’hybridation chromogène in situ (chromogenic in situ hybridisation, CISH), qui sont réalisés directement sur le tissu tumoral, et d'un certain nombre d'autres tests basés sur l'ADN extrait du tissu tumoral, notamment : la perte d'hétérozygotie par PCR, la PCR en temps réel, l’amplification multiplex de sondes dépendant d'une ligation (MLPA), la puce de polymorphisme de nucléotide simple (SNP array), la puce d'hybridation génomique comparative et le séquençage de nouvelle génération (SNG). Aucun de ces tests n'est parfait, il n'y a donc pas de « référence » à laquelle les comparer. Les deux tests les plus couramment utilisés (FISH et perte d'hétérozygotie basée sur la PCR) ont été utilisés comme les meilleurs tests de référence disponibles pour examiner les autres.
Quels sont les principaux résultats de cette revue ?
Nous avons trouvé 53 études. La plupart des tests ont bien identifié les cas de codélétion 1p/19q (ce qui signifie qu'il s'agit de tests ayant une bonne « sensibilité ») qui avaient été identifiés par l'un des deux tests communs. Cependant, il existe des différences dans la capacité des tests à exclure la codélétion 1p/19q lorsqu'elle ne semble pas être présente (la « spécificité » du test). Les tests SNG et SNP array se sont révélés plus performants à cet égard (c'est-à-dire qu'ils ont donné moins de résultats « faux positifs ») lorsqu'ils ont été comparés à la FISH comme test de référence. Le coût par diagnostic correct était le plus faible pour la MLPA, bien qu'il ne s'agisse pas d'une conclusion ferme en raison de la faible quantité de données probantes.
Dans quelle mesure les résultats des études de cette revue sont-ils fiables ?
Le niveau de confiance des données probantes était faible ou très faible, car il y avait peu d'études pour la plupart des tests et des limites à presque toutes les études. De même, l'analyse économique doit être interprétée avec prudence en raison du nombre relativement faible d'études.
À qui s'appliquent les résultats de cette revue ?
La façon dont les tests ont été réalisés a été jugée représentative de la façon dont ils seraient réalisés dans la pratique. Cependant, de nombreuses études ont porté sur des personnes atteintes de types spécifiques de gliomes, de sorte que les résultats pourraient ne pas être représentatifs de toutes les personnes atteintes de gliomes.
Quelles sont les implications de cette revue ?
Les données probantes limitées suggèrent que les techniques actuellement utilisées présentent une bonne sensibilité pour la détection de la codélétion 1p/19q. Les tests SNG et SNP array pourraient avoir une spécificité plus élevée lorsque la FISH est le test de référence, mais cela a un coût plus élevé par test.
Cette revue est-elle à jour ?
La dernière recherche d'études a eu lieu en août 2019.
Dans notre revue, la plupart des techniques (à l'exception du marquage en bandes G) semblent avoir une bonne sensibilité (peu de faux négatifs) pour la détection des codélétions 1p/19q dans les gliomes par rapport à la perte d'hétérozygotie basée sur la l'hybridation in situ fluorescente (FISH) et la PCR comme test de référence. Cependant, nous avons jugé le niveau de confiance des données probantes faible ou très faible pour tous les tests. Il existe des différences possibles en termes de spécificité, le séquençage de nouvelle génération et la puce de polymorphisme de nucléotide simple (SNP array) ayant tous deux une spécificité élevée (moins de faux positifs) pour la codélétion 1p/19q lorsqu'ils sont comparés à la FISH comme test de référence. L'analyse économique doit être interprétée avec prudence en raison du petit nombre d'études.
La délétion complète du bras court du chromosome 1 (1p) et du bras long du chromosome 19 (19q), connue sous le nom de codélétion 1p/19q, est une mutation qui peut se produire dans les gliomes. Il se produit un type de gliome appelé oligodendrogliome et son équivalent de grade supérieur appelé oligodendrogliome anaplasique. La détection de la codélétion 1p/19q dans les gliomes est importante car, associée à une autre mutation dans une enzyme appelée isocitrate déshydrogénase, elle est nécessaire pour poser le diagnostic d'oligodendrogliome. La présence d'une codélétion 1p/19q permet également d'établir le pronostic du patient et de prédire le meilleur traitement médicamenteux. Les deux principaux tests utilisés sont l'hybridation in situ fluorescente (fluorescent in situ hybridisation, FISH) et les tests de perte d'hétérozygotie basés sur la réaction en chaîne par polymérase (polymerase chain reaction, PCR) (également connus sous le nom d'analyse des répétitions en tandem courtes ou des microsatellites par PCR). De nombreux autres tests sont disponibles. Aucun de ces tests n'est parfait, même si la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR devrait avoir une sensibilité très élevée.
Estimer la sensibilité, la spécificité et le rapport coût-efficacité de différentes techniques basées sur l'acide désoxyribonucléique (ADN) pour déterminer le statut de codélétion 1p/19q dans les gliomes.
Nous avons effectué des recherches dans MEDLINE, Embase et BIOSIS jusqu'en juillet 2019. Il n’y avait aucune restriction basée sur la langue ou la date de publication. Nous avons recherché des études d'évaluation économique à partir des résultats de cette recherche et en utilisant la base de données d'évaluation économique du National Health Service.
Nous avons inclus des études transversales chez des adultes atteints de gliome ou de tout sous-type de gliome, présentant des données brutes ou des tableaux croisés de deux ou plusieurs tests basés sur l'ADN pour la codélétion 1p/19q. Nous avons également recherché des évaluations économiques de ces tests.
Nous avons suivi les procédures décrites dans le Manuel Cochrane pour les revues systématiques des interventions en santé. Deux auteurs de la revue ont indépendamment examiné les titres, résumés et textes intégraux, procédé à l'extraction des données et évalué l'applicabilité et le risque de biais à l'aide de QUADAS-2. Les méta-analyses ont utilisé le modèle ROC résumé hiérarchique pour estimer et comparer la précision des tests. Nous avons utilisé la FISH et la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR comme standards de référence alternatives pour examiner comment les tests se comparent à ceux qui sont couramment utilisés, et nous avons effectué une analyse à classe latente comparant la FISH et la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR. Nous avons construit un modèle économique pour évaluer le rapport coût-efficacité.
Nous avons inclus 53 études examinant : la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR, la FISH, la puce de polymorphisme de nucléotide simple (SNP array), le séquençage de nouvelle génération (SNG), l’hybridation génomique comparative (CGH), la puce d'hybridation génomique comparative (aCGH), l’amplification multiplex de sondes dépendant d'une ligation (MLPA), la PCR en temps réel, l’hybridation chromogène in situ (CISH), spectrométrie de masse (MS), l’analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction (PLFR), le marquage des bandes G, la méthylation par puce et la technologie NanoString. Le risque de biais n'était faible que pour une seule étude ; la plupart présentaient des préoccupations concernant la façon dont les patients ont été sélectionnés ou aux données manquantes. Nous avons eu des préoccupations quant à l'applicabilité de nombreuses études, car seuls les patients présentant des sous-types spécifiques de gliome étaient inclus. 1520 participants ont contribué aux analyses utilisant la FISH comme référence, 1304 participants aux analyses impliquant la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR comme référence et 262 participants aux analyses de comparaisons entre méthodes provenant d'études n'incluant pas la FISH ou la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR.
La plupart des données probantes étaient disponibles pour la comparaison de la FISH avec la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR (15 études, 915 participants) : La perte d'hétérozygotie basée sur la PCR a permis de détecter 94 % des codélétions déterminées par la FISH (intervalle de crédible (ICr) à 95 % 83 % à 98 %) et la FISH a permis de détecter 91 % des codélétions déterminées par la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR (ICr 78 % à 97 %). Parmi les tumeurs déterminées comme n'ayant pas de délétion par la FISH, 94 % (ICr 87 % à 98 %) avaient une délétion détectée par perte d'hétérozygotie basée sur la PCR, et parmi celles déterminées comme n'ayant pas de délétion par perte d'hétérozygotie basée sur la PCR, 96 % (ICr 90 % à 99 %) avaient une délétion détectée par la FISH. L'analyse à classe latente a suggéré que la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR pourrait être légèrement plus précise que la FISH. La plupart des autres techniques semblent avoir une sensibilité élevée (c'est-à-dire qu'elles produisent peu de résultats faux négatifs) pour la détection de la codélétion 1p/19q lorsque la perte d'hétérozygotie basée sur la FISH ou la PCR est considérée comme le test de référence, bien que les données probantes soient limitées. Il y avait quelques indications de différences de spécificité (taux de faux positifs) avec certaines techniques. Le SNG et la SNP array ont tous deux une spécificité élevée lorsqu'ils sont comparés à la FISH comme test de référence (SNG : 6 études, 243 participants ; SNP array : 6 études, 111 participants), bien que nous ayons évalué le niveau de confiance des données probantes comme étant faible ou très faible. Le SNG et la SNP array présentaient également une spécificité élevée lorsque la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR était considérée comme le test de référence, mais avec beaucoup plus d'incertitude car ces résultats étaient basés sur moins d'études (une seule étude avec 49 participants pour le SNG et deux études avec 33 participants pour la SNP array).
La sensibilité et la spécificité du marquage des bandes G étaient faibles lorsque la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR était le test de référence. Bien que la MS présente une sensibilité et une spécificité très élevées lorsque la perte d'hétérozygotie basée sur la FISH et la PCR est considérée comme le test de référence, ces résultats sont basés sur une seule étude avec un petit nombre de participants. La PCR en temps réel a également montré une spécificité élevée avec la FISH comme test de référence, bien qu'il n'y ait eu que deux études incluant 40 participants.
Nous n'avons trouvé aucune évaluation économique pertinente. Notre modèle économique utilisant la FISH comme test de référence suggère que le test optimisant les ressources dépend de la mesure de la précision diagnostique la plus importante. Avec la FISH comme test de référence, la MLPA est susceptible d'être rentable si la société était prête à payer 1000 livres sterling ou moins pour un vrai positif détecté. Cependant, à mesure que la valeur accordée à un vrai positif augmentait, la CISH était la plus rentable. Les résultats différaient lorsque la mesure des critères de jugement changeait pour devenir soit un vrai négatif détecté, soit un diagnostic correct. Lorsque la perte d'hétérozygotie basée sur la PCR était utilisée comme test de référence, la MLPA était susceptible d'être rentable pour toutes les mesures de la précision diagnostique à des valeurs inférieures au seuil de la volonté de payer. Cependant, à mesure que les valeurs seuils augmentaient, aucun des tests n'était clairement plus susceptible d'être considéré comme rentable.
Post-édition effectuée par Roni Kalala et Cochrane France. Une erreur de traduction ou dans le texte d'origine ? Merci d'adresser vos commentaires à : traduction@cochrane.fr